Quá trình hình thành và phát triển của Phòng Hành chính-Quản trị gắn liền với truyền thống xây dựng và phát triển của Trường Đại học Phú Yên.
Thành lập năm 2007, gồm 4 Tổ trực thuộc là Tổ Văn thư - Tổng hợp, Tổ Phục vụ, Tổ Lái xe - Bảo vệ và Tổ Cơ sở vật chất - Kỹ thuật. Đội ngũ ban đầu (năm 2007) gồm 26 cán bộ, viên chức (có 8 cử nhân, 18 trình độ khác), đến nay Phòng có 40 cán bộ, viên chức (03 thạc sĩ, 5 cử nhân và 32 trình độ khác).
Là đơn vị chức năng, Phòng Hành chính-Quản trị có nhiệm vụ tham mưu và giúp Hiệu trưởng trong việc quản lý, tổng hợp, đề xuất ý kiến, tổ chức thực hiện các nhiệm vụ công tác hành chính, quản trị của trường.
Qua 10 năm xây dựng và trưởng thành, tập thể cán bộ, viên chức Phòng Hành chính – Quản trị đã có nhiều nỗ lực trong thực hiện và cải tiến công tác hành chính – tổng hợp, văn thư – lưu trữ, thi đua – khen thưởng, an ninh trật tự và an toàn trường học, y tế học đường, quản lý - điều hành cơ sở vật chất, góp phần phục vụ tốt công tác giảng dạy và nghiên cứu khoa học của cán bộ, giảng viên, việc học tập và rèn luyện của học sinh-sinh viên.
Những thành tích tiêu biểu: Đạt danh hiệu Tập thể Lao động xuất sắc: Năm học 2006-2007 và năm học 2014-2015; Bằng khen của Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên về thành tích xuất sắc trong công tác phối hợp tổ chức kỳ thi Trung học phổ thông Quốc gia năm 2016 tại tỉnh Phú Yênr